Die Wallfahrtskirche, in der ganzen Welt als das "Franziskanische Bethlehem" bekannt, erhebt sich als mächtiger Gebäudekomplex, der direkt aus dem Felsen herausgewachsen zu sein scheint.

Der ursprüngliche Kern der Wallfahrtskirche ist die Kapelle der Weihnachtskrippe, erbaut im Jahre 1228, im gleichen Jahr, in dem Franziskus heiliggesprochen wurde. Hier hatte der Heilige, mit Hilfe von Giovanni Velita, dem Herrn von Greccio, und mit päpstlicher Erlaubnis in der Weihnachtsnacht des Jahres 1223 zum ersten mal in der Geschichte der Christenheit die Geburt Christi dargestellt und so die "Krippe" ins Leben gerufen. Diese Kapelle besteht aus einer kleinen Grotte mit einem Tonnengewölbe, das  aus dem nackten Felsen herausgeschlagen worden ist.

Unter dem Altar ist der Fels, wo der Heilige eine Figur, das Kind Jesus darstellend, niedergelegt hat. An der Rückwand ist ein wertvolles Gemälde aus der Schule von Giotto zu sehen, das in zwei Abschnitte geteilt ist: Die Krippe von Greccio und die Geburt in Bethlehem,  die stillende Muttergottes zeigend und am äußerem Rand des Bogens Maria Magdalena, die Patronin der Einsiedler.
In diesem Fresco wiederholt sich die Ikonografie derselben Szene die von Giotto gemalt, sich in der oberen Basilika in Assisi befindet: Franziskus, mit der weißen Dalmatika der Diakone bekleidet, kniet vor dem göttlichen Kind und betet es an.  Rechts oben zelebriert der Priester die Hl. Messe.

Hinter Franziskus sind die übrigen Teilnehmer des Ereignisses zu sehen: Ins Auge fällt ein Mann, der  nach der lokalen Tradition  eine lange rote Tunika trägt. Das ist Giovanni Velita, der Noble von Greccio, der von den Grafen Berardi di Celano abstammte und ein großer Freund von Franziskus wurde. Zu seiner Rechten stehen seine Ehefrau Alticama Castelli von Stroncone und das Volk von Greccio.

Darüber hinaus beherbergen die antiken Mauern des Klosters zahlreiche Kunstschätze. 

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